説明より推測すると下記のような原因だと思います。
(1) ["X[移]キャラ欄_全員描画"] <コモンEv 92> を実行
(この時点で 可変DB「基本システム用変数」に 右下のキャラ欄の座標が保存されている)
(2) 状態異常を回復したキャラの座標を ["X[移]キャラクター欄_座標算出"] <コモンEv 91> で算出
(3) 状態異常を回復したキャラのキャラ欄を ["X[移]キャラクター欄描画"] <コモンEv 90> で表示
の順でコモンを呼び出す必要があるが
(2)を実行しないまま(3)を実行したのでキャラ欄が右下に表示された。

装備品経由で技能を発動した場合、
["X[移]技能使用効果処理"] <コモンEv 119>の 218行目〜370行目あたりで処理している(?)ので
途中で ["X[移]キャラクター欄_座標算出"] <コモンEv 91> を呼び出しているコモンは
["X[移]指定キャラHP/SP回復表示"] <コモンEv 97> または ["X[移]指定キャラ状態付与表示"] <コモンEv 98>
だと思います。

改造したコモンでポップアップ表示(コモンEv 97,98)を使用しないのであれば
["X[移]キャラクター欄_座標算出"] <コモンEv 91> だけ実行しても解決すると思います。

仰ってる意味はなんとなくわかるのですが、どこをどういじればいいのか全く分かりません。すみません、もう少し詳しくお願いします。

["X[移]技能使用効果処理"] <コモンEv 119>を改造して
["X[移]指定キャラHP/SP回復表示"] <コモンEv 97> と ["X[移]指定キャラ状態付与表示"] <コモンEv 98> を
呼び出している部分をすべて削除した場合、同じ症状が出ます。

この場合 361行目の直前に座標算出を入れると改善しました。
(行数は改造前のコモンEv119の行数です。)


119_X[移]技能使用効果処理 を改造したコモン

219行目 |■イベントの挿入[名]： ["X[移]キャラ欄_全員描画"] <コモンEv 92> / 1:全員描画[瞬間表示]

(途中省略)

この行を追加 | |■イベントの挿入[名]： ["X[移]キャラクター欄_座標算出"] <コモンEv 91> / CSelf11[ターゲット]
361行目 | |■イベントの挿入[名]： ["X[移]キャラクター欄描画"] <コモンEv 90> / 3:表示[瞬間表示] / CSelf11[ターゲット] / CSelf14[対象ID]

書いていただいた行数には違う項目が書かれていたので、


| |■イベントの挿入[名]： ["X[移]キャラクター欄描画"] <コモンEv 90> / 3:表示[瞬間表示] / CSelf11[ターゲット] / CSelf14[対象ID]


これを探し出し、


| |■イベントの挿入[名]： ["X[移]キャラクター欄_座標算出"] <コモンEv 91> / CSelf11[ターゲット]


を直前に挿入したところ、正常に作動しました。ありがとうございました。