エディタ上のXY配列操作のは名前呼び出しを行った場合であれば、
エディタが置かれているディレクトリ上に
【Editor_XY_array_Name.ini】というファイルが生成されていると思います。
そちらのファイルの中に名前参照時の対応が出力されているので、消したいものを行単位で削除してもらえれば、ドロップダウンリストに登場しなくなります。(数値呼び出しとは非互換)
バージョンアップ履歴の方では、Ver3.50の新更新には
>●【DB操作/新機能】「XY配列」機能が搭載されました。
> → エディター内では、使用したXY配列の名前が最新500個まで記憶されます。
> (Editor.exeの場所にある「Editor_XY_array_Name.ini」に名前が保存されています)
と書かれていますが、たしかに公式マニュアル側には記載がなさそうですね。
【バージョンアップ内容】
↓
【Ver3.50〜3.649大規模アップデート(修正点798個)】
↓
【全体の新機能(ゲーム・エディター両方)】
↓
◆コマンド関連
↓
●【DB操作/新機能】「XY配列」機能が搭載されました。
の方に記載があるので、直接確認してみてください。